《孤岛危机3》是一款以科幻战争为背景的第一人称动作射击游戏，玩家扮演身穿尖端纳米作战服的战士，在危机四伏的未来都市中迎战来自外星的神秘威胁。本作在系列基础上进一步强化了枪械自定义与战甲升级机制，每件武器均可按个人习惯进行深度改装，而纳米服也能赋予玩家潜行、重甲等多种战术能力，让战场应对方式更加丰富多变。
1、先知
先知曾是暴龙小队队长，初代中因遭遇外星种族Ceph而基因异变，从而获得了使用其武器系统的能力。二代里他把纳米服交给濒死的陆战队员阿卡特兹后选择自尽，但他的人格并未消散，而是残存在纳米服中，持续影响着阿卡特兹。随着阿卡特兹自身人格崩解，先知的存在逐步取代了原主意识。到了三代，阿卡特兹的肉身似乎也因基因同化与纳米服重塑，逐渐呈现为先知的外貌。
2、赛可
赛可同样是前暴龙小队成员，曾服役于英国特种空勤团，性格火爆而冲动。在第三代中，他因被Cell企业强行剥离纳米服而遭受巨大痛苦并留下严重后遗症，因此对Cell怀有极深的憎恨。被反抗军救出后他加入其中，并在游戏开头主导了对先知的营救行动。
3、克蕾儿
克蕾儿是反抗军的指挥官，虽然并非职业军人出身，却展现出出色的领导才能。她与赛可关系紧密，同时对先知的真正身份始终抱有怀疑态度。
武器改装：通过X键可为枪械挂载不同配件。消音器是潜行流的关键装备；而激光瞄准器因游戏光影问题容易干扰视线，通常不建议使用。
游戏围绕“装甲”与“隐匿”两套核心战术系统展开：
① 装甲模式：按Q开启，能大幅减免所受伤害，但行动会持续消耗能量，能量状态可在屏幕右下角查看。
② 隐匿模式：按E进入隐身状态，适合偷袭敌人。不过在敌人附近快速移动会造成噪音暴露行踪，开枪更会直接解除隐匿效果。
隐匿状态下适合绕到敌人背后进行近战处决。配合弓箭使用效果极佳，因为弓箭不会破坏隐身状态。
面甲系统：按B键可开启面甲，其核心功能是扫描战场，标记出敌人、武器、补给与收集品，同时还能入侵控制台和炮塔。
入侵操作时，只需等待界面中的小球移动至重叠位置，再按F即可完成解析。
1、作为系列第三代作品，《孤岛危机3》尝试融合前两代的长处：既有自由探索的沙盒地图，又保留了高楼林立的城市垂直作战体验。
2、游戏中的都市环境并非简单的钢铁丛林，而是融入了丛林、沼泽、草地、峡谷等自然元素，形成独特的“城市雨林”风貌。
3、玩家将遭遇新的Ceph敌人，同时可使用全新的机械弓等武器，为战斗带来更多策略选择。
4、本作基于CryEngine 3.4引擎打造，支持更多DX11特效，画面表现力大幅提升，甚至被玩家戏称为新一轮“显卡危机”。
